Il présidera aux destinées du Mali pendant une période de transition de neuf mois avant de passer le pouvoir aux civils. Assimi Goïta a juré avec l’uniforme de commandant du bataillon autonome des forces spéciales et des centres d’aguerrissement (BAFS-CA)
« Je jure devant Dieu et le peuple malien de préserver en toute fidélité le régime républicain […] de préserver les acquis démocratiques, de garantir l’unité nationale, l’indépendance de la patrie et l’intégrité du territoire national », a dit Assimi Goïta. Après avoir prononcé ces paroles, il devient officiellement le président de la transition. Celui-ci a successivement fait tomber les présidents Ibrahim Boubacar Keita et Bah N’Daw.
Il est investi par le président de la Cour suprême du Mali, Wafi Ougadèye Cissé en présence de nombreux diplomates et de plusieurs militaires.
Le nouvel homme fort du Mali entend honorer l’ensemble de ses engagements à l’attention des organisations sous régionales et de la communauté internationale, promettant le respect de la charte de la transition et « l’organisation d’élections crédibles, justes et transparentes aux échéances prévues ». Egalement un dialogue social et un changement de gouvernance. Le chef de la junte malienne annonce la réduction de deux tiers le fonds de souveraineté du président, qui s’élève annuellement à 1,8 milliard de franc CFA.