A travers le décret 1001 du 15 mai 2020 le président de la république Idriss Deby instaure un Comité de Gestion de la Crise Sanitaire (CGCS). Le comité piloté par le chef de l’Etat et géré essentiellement par les membres du gouvernement, abroge les dispositions de la cellule de veille et de la sécurité sanitaire qui a failli à sa mission. Désormais le président de la république commande les opérations relatives à la guerre sanitaire.